La turbulence de cette période avec son fort courant antireligieux vint troubler la sérénité de cet espace vénéré.
               
Par une Loi de novembre 1789, tous les biens du clergé, donc de l'Eglise, furent nationalisés et déclarés biens de l'Etat.
En vertu de ces dispositions, un certain nombre de chapelles furent vendues aux enchères et, dès lors, disparurent à jamais.
               
En ce qui concerne Bellefontaine, les autorités révolutionnaires s'en prirent en priorité à la petite cloche de la chapelle d'un poids de 57 livres qui fut descendue du campanile, conformément à une ordonnance du 6 août 1791.
Elle fut ensuite transportée par chariot hippomobile à Aspach-le-Bas qui était un centre de regroupement des objets en métal de cette nature et, de là, emportée à la Monnaie de Strasbourg.
               
Alors que l'on continuait à s'interroger avec angoisse sur le sort de la chapelle elle-même, la municipalité de Bréchaumont adressa, le 1er février 1792, une requête au Directoire du District de Belfort à l'effet d'obtenir le maintien de ce sanctuaire.
               
Dans ce mémoire, on y arguait notamment que ce bâtiment était l'oeuvre des ancêtres du village, en témoignage de la dévotion à la Sainte-Vierge et que, de ce fait, il était à considérer comme propriété communale et qu'aucune autre autorité ne devait pouvoir en disposer.
Peine perdue, car le 27 février 1792, cette demande, portant les signatures de Bihl, maire, de Johanès Blind et de Joseph Jung, fut rejetée par un Directoire intransigeant.
Ce petit édifice religieux, confirmé bien national, fut vendu. Dès lors, et durant les décades qui suivirent, la chapelle changea plusieurs fois de propriétaire. 
               
En 1795, alors que les autorités considéraient ce pèlerinage comme définitivement terminé, de nombreux fidèles venaient encore, même collectivement, visiter le site et s'y recueillir, ce qui déplut fort à quelques 'patriotes' (dans le sens de partisans outranciers de la Révolution) de Bréchaumont.
A la suite de réclamations et de plaintes de ces derniers, un certain sieur (ou plutôt citoyen) Hartmann, de Fontaine, fut nommé commissaire chargé d'enquêter sur cette affaire.